Шангри-Ла Аниме погружает нас в атмосферу экологического апокалипсиса. Итак, представьте, 21 век, экологическое бедствие достигло своего пика. Чтобы не допустить развала мира и экономики, правители «городов будущего» контролируют атмосферу с помощью налогов на углекислоту. Проблемы с углекислотой заставляют образовать жителей современности обособленный город — Атлас, он парит над Токио, в самом же Атласе сосредоточена главная политическая и экономическая власть во главе с беспощадной Реко, но даже ее злодейский ум не может предугадать промышления гениальной малышки Карин, создавшей машину Медуза.