Судьба: Апокриф События происходят в мире, параллельном миру «Ночи схватки», в котором Великий Грааль загадочным образом исчез из Фуюки после Третьей Войны Святого Грааля. Спустя много лет клан магов Иггдмилленния открыто заявляет о своём выходе из Ассоциации Магов и о том, что именно в их руках находится Грааль.
Тем временем в городе Трифас две противоборствующие стороны сталкиваются в битве за право владеть священной реликвией. Чёрная фракция, члены которой являются магами семьи Иггдмилления, и Красная фракция — наёмники, отправленные Ассоциацией для того, чтобы вернуть Грааль. С каждой стороны выступают семь слуг и семь мастеров. Сам Грааль призывает слугу класса Рулер в качестве наблюдателя конфликта. Это знаменует начало Великой Войны Святого Грааля.